Nach der Trennung von Käse, Quark oder Casein wird die Molke gekühlt und in einem gereinigten Stahltank in der Käserei zwischengelagert. Von dort gelangt sie mittels Lebensmittel-Tanklastzügen zu Molke verarbeitenden Betrieben. Dort wird sie vor dem Abtanken auf die Einhaltung vorgegebener Qualitätsparameter wie z.B. pH-Wert und Temperatur untersucht.

Der erste Schritt bei der Molkenverarbeitung ist in jedem Fall - unabhängig vom späteren Endprodukt - eine Pasteurisierung zur Abtötung eventuell vorhandener Keime. Die Anlagen für die weiteren Prozessschritte sind so ausgelegt, dass die Zwischen- und Endprodukte in der Erhaltung ihrer Qualität gemäß den Richtlinien des Lebensmittelrechts geschützt sind.

Alle Endprodukte werden vor dem Verlassen des Werkes auf die Einhaltung der biologischen, chemischen und physikalischen Qualitätskriterien untersucht. Diese Untersuchungen werden durchgehend bei jeder einzelnen Charge durchgeführt. Damit ist gewährleistet, dass die Molkenprodukte von der Anlieferung des Rohstoffs bis zur Abgabe der Endprodukte einer ständigen Qualitätsüberwachung unterliegen. Darüber hinaus betreiben die meisten Unternehmen ein Qualitätsmanagement, das auf der internationalen Qualitätsnorm DIN EN ISO 9000ff basiert.